För de barn och ungdomar som olyckligt nog är smittade av HIV så gäller samma behandling för dessa två grupper som det gör för vuxna med HIV. Däremot så är komplikationerna fler och större när det kommer till behandling av yngre. I och med att de yngre fortfarande växer och utvecklas så måste doserna av medicinen vara i väldigt precisa mått för att de inte ska störa ungdomens utveckling.
Doktorer och sjuksköterskor har rapporterat många svårigheter med att behandla yngre barn för HIV. Bland annat så har barn och ungdomar väldigt fulla scheman som gör att det är väldigt enkelt att glömma bort att ta sin medicin. I detta fall så är det viktigt att föräldrar hjälper till att påminna sitt barn att ta sin
dos. Bieffekterna av HIV-medicin har också rapporterats som ett problem hos de yngre smittade vilket är väldigt förståeligt. Bieffekterna av en HIV-behandling är många och kan vara väldigt tuffa att ta sig igenom. Illamående som håller i sig veckor är ett exempel på en bieffekt som frekvent har rapporterats. Vanliga förkylningssymptom förekommer också som till exempel feber, snorig näsa, halsont och diarré.
I äldre tonåringar så har det visat sig lättare att övertyga individen att ta sin medicin då de kan förstå konsekvenserna som följer om medicinen inte tas. Däremot hos yngre barn och speciellt hos yngre tonåringar så har det rapporterats som ett stort problem då de inte kan förstå varför just de måste behandlas och varför de måste ta något som gör att de mår dåligt.